腔隙性脑梗死目前尚无有效的治疗方法，有效控制高血压和各种类型的脑动脉硬化，可减少腔隙性卒中可能性，是预防本病的关键。没有证据表明抗凝治疗会带来任何益处，阿司匹林效果也不确定，但由于这些治疗发生严重并发症风险较低，故也经常应用。其他可适当应用扩血管药物，增加脑组织血液供应，促进神经功能恢复，应用钙离子拮抗剂如尼莫地平，氟桂利嗪等减少血管痉挛，改善脑血液循环，降低腔隙性梗死复发率。活血化瘀类中药对神经功能恢复可有所帮助，控制吸烟，糖尿病和高脂血症等可干预危险因素。