囊性肾癌的发病原因目前尚不明确，有学者研究认为从病理组织学发生上其可能存在下述几种原因：首先肿瘤呈囊性生长，因为肾癌起源于近曲小管上皮细胞，其中一些细胞以囊性方式进行生长并逐渐形成大小不等且互不相通的多房性肿块物，囊内可合并有含量不等的出血表现，肿瘤常出现假包膜，这是囊性肾癌发生的一种病理性原因。还有就是肾肿瘤中心供血不足，因为出血和坏死形成假性囊肿且多为单房性，也是囊性肾癌形成的可能病因。还有肾癌引起肾小管或小动脉阻塞导致囊肿形成，当囊肿增大时，肿瘤嵌入到囊肿内，呈混合性生长也可以形成囊性肾癌。