小儿百日咳可以通过应用大环内酯类的药物治疗好的快。在未进入痉咳期之前，就使用红霉素或者罗红霉素，阿奇霉素均可以阻止病程的进展。如果不进入痉咳期，一般病程好的会很快。同时可以配合布地奈德雾化吸入的方式减轻气道炎症，在痰多的时候可以给予对乙酰半胱氨酸雾化吸入化痰治疗。有些孩子咳嗽较严重，可以口服一些止咳化痰的药物。如金振口服液，复方福尔可定溶液等镇咳治疗。同时在此期间可以口服提高抵抗力的药物，如脾氨肽冻干粉等。还要多喝温水，保持气道湿润，吃营养丰富的食物。