卵巢萎缩的女性因为长期处于低雌激素状态而发生子宫萎缩、阴道分泌物减少、性交痛，甚至骨质疏松，所以应该及时补充雌激素。对于有期望生育的患者仍然应该积极的进行治疗，可以周期性的补充雌孕激素，避免生殖器官上皮萎缩与钙的丢失，并且可以保护心血管系统，预防脂代谢的变化。可以从任何时候开始口服雌激素，比如乙烯雌酚0.5-1mg，每晚一次，连服22天。在服药的第11天开始补充孕激素，如口服醋酸甲羟孕酮8-10mg，每晚一次，连服10天。另外，可以诱发卵泡的发育，人工周期治疗的一个阶段以后，再单用小剂量的雌激素，比如乙烯雌酚0.5mg，每晚一次，连服3周停1周。无论有没有撤退性的出血，再开始第2个周期的治疗。