复方甲硝唑栓是不可以治疗霉菌性阴道炎的。霉菌性阴道炎一般选择抗真菌的药物进行治疗，大部分女性如果有性生活，可以选择外用药物治疗。夜间清洗外阴后，将药物缓慢的放入阴道深部，用药后尽量避免下床活动，以免药物流出，影响治疗效果。如果没有性生活的女性或者是不愿意外用用药物时，可以选择口服药物进行治疗。霉菌性阴道炎主要是由于假丝酵母菌感染引起，假丝酵母菌属于机会性致病菌，在机体抵抗力下降或者是阴道内微生态环境遭到破坏时就会发病。所以女性患有霉菌性阴道炎，治疗之后也需要积极的锻炼身体，增加机体抵抗力，减少霉菌性阴道炎的复发。