龟头有水泡有多种原因：一、可能跟日常生活习惯有关，如果经常手淫或过度进行性生活，可能会导致龟头摩擦过度、黏膜受损，因此会出现水泡症状。二、可能跟炎症有关，如出现包皮龟头炎等疾病后，有可能会导致龟头黏膜出现水泡，还有可能会产生糜烂症状。三、还有可能跟生殖器疱疹有关，受到疱疹病毒感染后会出现较多的小水泡，需要及时治疗。