治疗肛瘘可以通过手术治疗和非手术治疗。非手术治疗可以通过中药熏洗，还可以通过药物进行治疗，可以应用一些西药治疗，主要治疗肛瘘急性期合并感染的患者，应用磺胺类药物或者头孢类药物。平时还可以经常保持肛周清洁，用温盐水或1:5000高锰酸钾溶液坐浴，还可以应用中药进行熏洗，比如祛毒汤、五倍子汤等。手术治疗肛瘘是彻底治愈此病的方式，手术关键是寻找内口，尽可能地切除感染的肛腺以及窦道组织，减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，避免瘘的复发，可以分为肛瘘切开挂线治疗，也可以行肛瘘切除术。