治疗肛瘘，可以通过药物治疗，控制感染，减轻症状，控制病情的发展，通过药物治疗可以作为手术治疗的一种辅助手段。如果想彻底的治愈肛瘘，必须行手术治疗，将瘘管切开或者切除，形成敞开的创面，促使愈合，手术的关键在于尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。可以行肛瘘切除术，将瘘管全部切开至健康的组织，适用于低位单纯性的肛瘘。如果肛瘘瘘管位置比较高，可以行高位肛瘘切开挂线治疗，手术后保持创面清洁，改善肛周的微循环，可以用中药进行熏洗，常用的药物有五倍子汤、苦参汤或止痛如神汤。