急性上呼吸道感染大多数是由病毒引起来的，包括鼻病毒、冠状病毒腺病毒流感和副流感病毒等。另有少部分为细菌引起来的。可以单纯发生或继发于病毒感染后出现。多见于口腔定植菌、溶血性链球菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和葡萄酒精。偶尔可见革兰氏阴性杆菌。但接触病原体后是否发病取决于人群的易感性，当人体抵抗力下降时，就会受到病毒细菌的感染，而导致急性上呼吸道感染的发生。