小便时小腹疼痛，首先考虑是急性膀胱炎。急性膀胱炎可以表现为下腹正中疼痛，可以伴有尿频，尿急，尿痛及血尿。另外，也有可能是盆腔炎性疾病所致。盆腔炎性疾病，包括子宫内膜炎，输卵管炎，输卵管卵巢炎，盆腔腹膜炎，是女性比较常见的妇科炎症，主要表现为持续性下腹痛，腰痛，同房后加重，分泌物增多或者异常，严重的可以伴有发热甚至高热。另外，输尿管结石也会引起小腹疼痛，一般呈阵发性，程度比较剧烈。小便时小腹疼痛，具体是什么原因，需要及时就诊来明确诊治。