卵巢囊肿的形成有不同的原因，有一些是生理性的囊肿。一般在月经的后半期，也就是在黄体期，在黄体形成之后，导致黄体囊肿的形成。这种情况是生理现象，不需要进行特殊的处理。另外一种情况是卵巢的子宫内膜异位囊肿，是由于异位的子宫内膜组织，着床种植于卵巢组织，造成的卵巢的囊肿和纤维化，形成卵巢局部的子宫内膜异位囊肿。这种囊肿是由于囊内有内膜异位的内膜组织，同时出现内膜组织反复出血，造成囊内陈旧性血液的积聚形成囊肿。还可能由于囊壁的厚薄不一，造成反复的破裂，还有卵巢的炎性囊肿等。