垃圾清运费收到的发票税率是5%左右
税法依据：
根据《财政部 国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2013〕106号）
第八条 应税服务，是指陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务、管道运输服务、邮政普遍服务、邮政特殊服务、其他邮政服务、研发和技术服务、信息技术服务、文化创意服务、物流辅助服务、有形动产租赁服务、鉴证咨询服务、广播影视服务。
应税服务的具体范围按照本办法所附的《应税服务范围注释》执行。
第十二条增值税税率：
…
（二）提供交通运输业服务、邮政业服务，税率为11%。
……
第十三条增值税征收率为3%。
附：
应税服务范围注释
一、交通运输业
交通运输业，是指使用运输工具将货物或者旅客送达目的地，使其空间位置得到转移的业务活动。包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务。
因此，如果是工业企业委托运输公司来运输工业垃圾，运输公司只管运，没有垃圾的所有权，那么属于运输业务，工业企业支付给运输公司的运输费用，运输公司应该给工业企业开具货物运输业增值税发票，如果运输公司是一般纳税人税率为11%；如果运输公司是小规模纳税人征收率为3%。
同时，针对实缴的增值税征收城建税（地市级7%、县级5%、乡镇1%）、教育费附加3%、地方教育费附加2%、印花税、所得税等税种 垃圾清运费收到的发票税率是5%左右。
具体税种如下：
1、增值税，小规模纳税人税率3%；一般纳税人11%
2、城建税。按缴纳的（增值税+营业税+消费税）缴纳；
（1）纳税人所在地在市区的，税率为7％；
（2）纳税人所在地在县城、镇的，税率为5％；
（3）纳税人所在地不在市区、县城或镇的，税率为1％
3、教育费附加，按缴纳的（增值税+营业税+消费税）的3%缴纳；
4、地方教育费附加，按缴纳的（增值税+营业税+消费税）的2%缴纳；
5、水利基金，按缴纳的（增值税+营业税+消费税）的1%缴纳；
6、印花税：合同按金额的万分之三贴花；
7、个人所得税或企业所得税
根据《国家税务总局关于垃圾处置费征收营业税问题的批复》（国税函[2005]1128号）的规定：根据《中华人民共和国营业税暂行条例》的规定，单位和个人提供的垃圾处置劳务不属于营业税应税劳务，对其处置垃圾取得的垃圾处置费，不征收营业税。
另，根据《财政部国家税务总局关于在全国开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点税收政策的通知》（财税〔2013〕37号）的规定：在中华人民共和国境内（以下称境内）提供交通运输业和部分现代服务业服务（以下称应税服务）的单位和个人，为增值税纳税人。纳税人提供应税服务，应当按照本办法缴纳增值税，不再缴纳营业税。
应税服务，是指陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务、管道运输服务、研发和技术服务、信息技术服务、文化创意服务、物流辅助服务、有形动产租赁服务、鉴证咨询服务、广播影视服务。
如属于营业税改征增值税试点行业范围需按规定缴纳增值税并开具国税发票，试点行业范围以外的营业税应税劳务仍按原规定缴纳营业税。营业税税率5%
营业税附加的城市维护建设税以及教育费附加和地方教育费，视你所在地的规定。