慢性疲劳综合征治疗主要是通过药物治疗来减轻患者的症状，改善功能，另外也可以辅以运动饮食的调节。药物治疗主要包括以下几个方面：一、止痛药物的治疗；二、抗抑郁药物的治疗。止痛药主要是用来缓解患者疼痛的症状的，慢性疲劳综合征的患者往往会有头痛或者是其他部位疼痛的症状，通常可以口服阿司匹林、布洛芬、吲哚美辛、对乙酰氨基酚等药物来缓解症状。抗抑郁的药物主要作用是缓解抑郁，调节神经，促进睡眠，主要的药物有帕罗西汀、氟西汀、舍曲林等，适用于治疗伴有抑郁和有自杀倾向的患者。心理疏导治疗和运动治疗以及饮食的辅助调整对于慢性疲劳综合症的患者也是非常有用的。