食管反流性咳嗽的手术治疗目的，是增强食管远端抗反流的屏障作用，修复食管防止胃酸及其它内容物反流到食管，主要适用于以下几种情况：第一是对药物治疗无效者。第二是长期需要药物维持治疗的。第三由于胃食管反流引起反复发生的肺部感染，支气管哮喘等病变者。第四患者有严重的并发症，治疗效果差者，主要包括手术以及内镜的治疗。