先天性甲状腺功能低下主要是采取替代治疗，并科学规律的用药，定期复查甲状腺功能，评估患者的体格和智力发育情况，部分患者需要终身治疗。先天性甲状腺功能低下的患者应早期确诊，并积极治疗，尽量降低疾病对脑发育的损伤。先天性甲状腺功能低下的患者应足量治疗，将血T4维持在正常的水平，老年患者还要预防突发性肾上腺皮质功能衰竭。先天性甲状腺功能低下的患者，越早治疗效果越佳，如果治疗不及时，病情逐步发展成不可逆时，对智商的影响较大。