如果扁平疣的数目比较少，可以冷冻、电离子或者调Q激光治疗，治疗以后可以外用干扰素凝胶。如果扁平疣的数目比较多，考虑是免疫力降低导致的人乳头瘤病毒感染，可以外用干扰素凝胶、咪喹莫特乳膏、斑蝥素乳膏等等。同时要口服或者肌注调节免疫力的药物，比如转移因子胶囊、转移因子口服液、贞芪扶正颗粒、贞芪扶正胶囊、卡介菌多糖核酸注射液、胸腺五肽、白介素等等。由于人乳头瘤病毒感染以后容易传染到其他的地方，所以平时要注意清淡饮食，不要导致扁平疣有瘙痒，如果有瘙痒不要乱抓，以免其他部位传染扁平疣。