发烧引起的肠胃不适，可在医生指导下使用适当的使用抑制胃酸的药物，比如奥美拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑、兰索拉唑、艾司奥美拉唑；保护胃肠黏膜的药物，如复方谷氨酰胺；以及调节肠道菌群的药物，比如金双歧、地衣芽孢杆菌活菌胶囊。另外，最主要的是要明确发烧、肠胃不适的病因，根据不同的病因做针对性的治疗。发烧引起的肠胃不适，最主要见于急性胃肠炎，急性胃肠炎主要是由于细菌或者病毒感染引起，患者要注意避免进食不干净、不卫生的食物。对于细菌感染，病情比较重的，必要的时候还需要使用抗生素治疗。