男人阴茎根部瘙痒，可能存在下列原因：1、阴囊湿疹。该病变发病原因比较多，和局部慢性刺激、个人卫生不洁、真菌感染等因素相关，刺激阴囊以及阴茎潮湿、瘙痒，可能出现局部皮肤破溃。2、接触性皮炎。如果患者长期处于刺激环境中，或者接触一些刺激性物品，可能导致局部瘙痒、疼痛。3、阴虱感染。通常多见于个人卫生不好、生活在集体宿舍的群体，容易发生阴虱感染，刺激患者出现阴囊根部瘙痒疼痛。