大多数的甲减是由于桥本氏甲状腺炎造成的，这是机体对甲状腺的一种自身免疫性损伤，是免疫系统对甲状腺的自我攻击造成的甲状腺滤泡细胞的破坏，如果破坏程度较重，持续时间较长，最终会导致甲状腺功能减退。这种甲状腺的破坏一般是不可逆的，所以一般需要长期或终生服用甲状腺激素，进行生理性的替代治疗，以维持正常甲功，不可以停药，需要定期复查甲状腺功能并调整药物剂量。另外还有一些其他原因导致的甲减，比如亚急性甲状腺炎、产后甲状腺炎、过量碘摄入或抗甲状腺药物过量等导致的甲减，在甲减症状明显时可短期应用甲状腺激素，待病因消除以后甲功恢复正常时就可以停药。