经直肠的超声检查可以采用阴道的探头，患者在检查前需排空大小便，取膀胱截石位，也可以采用左侧卧位，左腿伸直，右腿屈曲。检查的过程中会有便意等不舒服的感觉，患者要尽量的放松，将套好消毒避孕套的探头外涂耦合剂作为润滑剂，缓慢的放入患者的直肠内。扫描的方法和观察与经阴道超声检查是相似的，经直肠超声检查的效果次于阴道超声检查。主要适用于未婚妇女或者老年性阴道萎缩，阴道畸形等患者。目前经直肠超声检查多用于直肠，乙状结肠以及前列腺疾病的诊断，在妇产科也会用。