肠结核的治疗原则，是要消除临床症状，改善全身的情况，促使结核病灶的愈合和防止并发症。肠结核的患者强调早期治疗，因为在早期，病变是可以逆转的，要加强休息和营养，加强患者的抵抗力是治疗的基础，抗结核药物的选择、用法和疗程，要进行联合应用的治疗原则，要采取足量的治疗方法是本病治疗的关键。还可以进行对症治疗，对于有完全性肠梗阻，急性肠穿孔或者是有急性出血的患者，需要进行手术治疗。