肛周脓肿手术的时间一般是要在半小时到一小时左右，具体的手术时间也是受到多种因素的影响。比如说高位的脓肿或者是复杂性的脓肿，甚至手术的时间要到两个小时。另外手术过程当中，如果不顺利，麻醉效果不理想，或者是手术当中有持续出血的存在，都可以影响到手术的时间。肛周脓肿一旦确诊以后，还是建议患者早做手术的治疗。主要就是进行一次性的根治手术，避免肛周脓肿出现复发的情况。如果患者的时间不允许，比如说受到工作学习等因素的影响，没有时间进行根治性的手术，那么也可以先进行切开引流的手术，切开引流手术的时间一般在几分钟就可以完成。