跑步时腰两侧疼痛，多考虑以下几点方面原因。第一点，多考虑是长期久坐，不正确姿势导致的肌筋膜炎，多考虑是无菌性炎症所引起的相关症状。建议改善患者生活方式，避免久坐弯腰搬重物，同时给予热敷，必要时刻给予非甾体消炎药对症消炎镇痛治疗。如果以上相关症状没有缓解的情况下，多考虑进行局部痛点封闭进行治疗。第二个方面，多考虑是腰椎间盘突出压迫神经根而引起相关神经压迫症状，这种情况下，建议完善相关影像学检查后，多考虑先以药物和改善患者生活方式进行治疗。必要时多考虑进行手术治疗，手术治疗的目的是解除神经压迫，为神经恢复创造可能。