有症状的生殖器疱疹的治疗，包括全身治疗和局部治疗两方面。全身治疗主要是抗病毒治疗和治疗合并感染。抗病毒治疗可以选择系统使用阿昔洛韦、泛昔洛韦、伐昔洛韦等，还包括局部使用阿昔洛韦乳膏、喷昔洛韦乳膏等。若继发细菌或真菌感染，可加用抗生素或抗真菌外用制剂，疼痛剧烈者给予止痛药。无症状或亚临床HSV感染无需药物治疗。