治疗肠结核的关键是要应用抗结核的化学药物，通常还需要增加患者的营养以及抵抗力，注意休息，是治疗肠结核的基础。对于腹痛的患者，可以应用抗胆碱能药物；如果有摄入不足或者腹泻严重的患者，还应该注意纠正水电解质和酸碱平衡紊乱。对于不完全性的肠梗阻，需要进行胃肠减压；如果出现完全性的肠梗阻，急性肠穿孔，以及肠道大量出血，经过内科保守治疗，不能止血者，需要进行手术治疗。同时，本病的预防应该对肠外结核，特别是肺结核，进行早期诊断和积极治疗。