肛周脓肿手术的过程如下：首先，在麻醉成功以后，患者取伏卧位或者是截石位，选择脓肿波动感最强的位置切开。其次，通过探针循序渐进地找到原发的感染内口，对原发的感染内口进行切除，并且对囊脓腔进行骚刮，适当的扩大手术的创口，保持手术创面引流的通畅。另外，高位的肛周脓肿，或者是复杂性质的肛周脓肿，要采用皮筋挂线的方式。主要的目的就是对肛门的括约肌起到缓慢切割，可以最大程度上保护肛门括约肌的功能，保持手术创口引流的通畅，降低术后复发的几率。