根据治疗方法的不同，费用上有很大差异，肛瘘的治疗费用大约在1000到5000元左右，保守治疗和手术治疗的费用有很大的差异，保守治疗包括药费和治疗费，手术治疗包括住院和不住院费用也有很大的差异，住院期间的费用较高，大约3000到5000元左右，包括床位费，药费，检查费，手术费，麻醉费，麻醉用药等费用，而且不同级别的医院收费标准不一样，三级医院高一些，一级医院相对低一些，而且收费存在地区差异性。