婴儿肠炎主要是由感染和非感染的原因造成。而肠道感染多数是由病毒，细菌，真菌，寄生虫等引起，尤其是病毒感染的最常见。肠外感染也可以引起，如中耳炎，上呼吸道感染，肺炎，肾盂肾炎，皮肤感染或者急性传染病时，婴儿可以出现发热，感染释放出来的毒素，并且用抗生素治疗，引起孩子出现肠炎，滥用抗生素，引起菌群失调，也可以引起肠炎。而婴儿容易引起肠炎，主要也跟婴儿的消化系统发育未成熟有关，容易发生肠道功能紊乱，并且婴儿的防御功能差，可以使肠道进入细菌，胃肠内的细菌杀灭能力比较差，容易造成肠道感染。而人工喂养的孩子由于食物和食具易受污染，也容易发生肠炎。