多发性肾结石是指尿路有两个及两个以上结石者。多发性肾结石如果发生于一侧尿路者，与单发肾结石治疗相似，结石直径小于0.6cm者，可以采取药物排石并且调节饮食的保守治疗；结石直径大于0.6cm者，可以选择体外冲击波治疗；结石直径大于2cm者，可以行微创手术。对于发生于双侧的多发性肾结石，根据结石部位的不同，有不同的处理方式。如双侧输尿管结石，可采用双侧输尿管镜碎石取石术，尽可能同时解除梗阻。一侧肾结石，另一侧输尿管结石时，应该先处理输尿管结石。