阴茎的发育是受垂体-下丘脑-性腺轴调控的。临床上引起阴茎短小常见的病因有：一，促性腺激素分泌不足的性功能减退，如下丘脑分泌异常。二，促性腺激素分泌过多的性腺功能减退，如睾丸分泌异常，睾丸缺如或下降不全等。三，性染色体异常，多染色体综合征，多染色体畸形等。四，后天发育迟缓，如肥胖儿童血睾酮偏低。五，包茎或包皮过长，伴反复感染时阻碍阴茎正常发育。六，少数原因不明的原发性阴茎短小症。