如果患者确诊为肺脓肿后，需要进行积极的抗感染，促进痰液引流，支持对症治疗，必要时可考虑支气管镜，促进痰液的引流，查明病因，甚至于手术的治疗方法。抗生素治疗包括了覆盖革兰氏阳性球菌，革兰氏阴性杆菌，特殊是厌氧菌的抗生素，例如青霉素g，甲硝唑，奥硝唑等，也可使用一代头孢，二代头孢或三代头孢。如果患者为产酶菌，需要使用头孢哌酮钠，舒巴坦钠，美洛西林钠，舒巴坦钠，如果患者为耐药菌可使用炭青霉烯类的比阿培南，如果患者为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌，需要使用万古霉素等相关的抗生素。