慢性尿道炎的治疗，需要针对致病菌选择敏感抗生素足够疗程治疗。慢性炎症的反复发生，或是病程迁延不愈，常见于致病菌对所选择抗生素耐药用药剂量以及疗程不足，也可导致尿道炎慢性病程，需要结合尿液培养、药物敏感试验等。检查提示致病菌为支原体，需要选择大环内酯类药物抗炎治疗。真菌感染引起的慢性尿道炎，需要给予制霉菌素或者是伊曲康唑药物抗真菌治疗。还需要通过饮食以及锻炼，提高自身抗病免疫力，可避免尿道炎治疗恢复时间，避免尿道炎慢性病程。