巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。子宫内膜异位到卵巢而形成的囊肿，一般叫做巧克力囊肿。正常情况下，经血是通过阴道排出来的。而经血不经过阴道排出来，通过输卵管到达卵巢，内膜因为受卵巢分泌功能影响会呈周期性的改变，所以异位到卵巢位置的子宫内膜，也是随着卵巢功能的周期性的分泌功能影响而呈周期性的变化，经血在卵巢内就也会定期增多，但是排不出来，时间长了，堆积久了，积液就会形成巧克力一样的颜色，所以这个病名叫做巧克力囊肿。巧克力囊肿主要是子宫内膜异位于卵巢而形成的病变。巧克力囊肿影响生育的，必须好好治疗。