男人龟头根部有小疙瘩可以通过以下几种办法治疗。1、高锰酸钾稀释液的清洗。可能是因为局部的卫生不干净形成的毛囊炎症，用高锰酸钾稀释液清洗之后能够杀菌消炎。2、药物的治疗。可以吃一些消炎抗感染的药物，例如头孢克肟、氧氟沙星等，可能存在尿道炎症或者前列腺炎。3、激光手术去除。可能小疙瘩是珍珠疹或者尖锐湿疣等。建议患者去医院明确病因之后，再选择以上的治疗方式，治疗的同时不要性生活。