脚后跟两侧疼原因如下：1、因为肌肉的劳损或扭伤，跑跳过度以后会引起肌腱周围、跟腱周围、脚后跟肌肉和骨质的挫伤，可以引起炎症物质积聚产生疼痛。2、长期的劳累、久站，爬山、爬楼梯、走路过多，造成的炎症物质积聚、乳酸堆积，肌肉僵硬、疲劳，跟腱和肌肉出现积液、损伤以后也会产生这两侧的疼痛。3、脚后跟两侧疼痛还需要注意慢性的损伤，比如崴脚以后或者肌肉的持续疲劳，会造成积液和炎症物质长期的刺激。4、还需要排除骨质的异常，比如骨质疏松、跟痛症和骨质增生，产生骨刺和刺激的周围肌肉，本身骨质疏松承重能力减弱也会造成疼痛。5、还需要排除感染等情况，检查清楚，对症治疗。