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巧克力囊肿的病因和发病机制至今尚未完全阐明。目前被普遍认可的是子宫内膜种植学说。此外,子宫内膜异位症的发生还可能与机体的免疫功能、遗传因素、环境因素等有关。月经状况、避孕措施、环境因素等是引起本病的高危因素。另外还存在一些危险因素,如:体内雌激素较高,生殖道发育异常,尤其是下生殖道梗阻,阻止月经正常流出,患有自身免疫性疾病等。