肛门湿疹的治疗主要通过局部用药、系统用药以及物理治疗的方式以达到去根的目的。首先是局部用药方面，可以选择外用弱效糖皮质激素类，常见的包括地奈德乳膏、丁酸氢化可的松乳膏等。还可以选择外用钙调磷酸酶抑制剂，常见的包括他克莫司软膏、吡美莫司乳膏等。系统用药方面，可以口服抗组胺类药物，常见的包括西替利嗪、阿司咪唑、特非那定等。物理治疗方面可以选择紫外线光疗、中药熏洗等。