子宫内膜异位症的病因至今仍未完全明确，目前普遍认可子宫内膜种植的学说，首先考虑经血逆流，正常情况下月经期时月经从宫口经过阴道排出体外，但是有少部分的经血阴因部分的原因夹杂脱落的子宫内膜碎片，会经由输卵管流入腹腔，从而在腹腔内种植，形成子宫内膜异位灶。还有宫腔手术操作时导致，常见的有剖宫产术，早中期妊娠行刮宫术，分娩时行会阴侧切术，人工流产术等可能会诱发子宫内膜异位症的发生。另外，还有一些遗传因素跟免疫系统异常的因素。