巧克力囊肿主要是由以下原因引起的：1.内分泌因素， 由于经常熬夜等不良的生活习惯，导致内分泌失调，这样就容易引起巧克力囊肿的发生；2.输卵管异常，由于输卵管堵塞，再加上身体机能减退，导致卵子和垃圾排不出去而堆积在卵巢内，就会形成巧克力囊肿；3.其他因素，由于阴道闭锁、宫颈口狭小、多次人工流产、经期性生活等，导致月经血不能全部从阴道排出，就会引发巧克力囊肿。