胃肠上皮化生的治疗，要积极的治疗原发病，也就是治疗慢性胃炎为主。具体的治疗方法，有几下几种：第一、饮食治疗：尽量的吃容易消化的食物，做到按时吃饭，减少生冷刺激性饮食对胃黏膜的损伤；还要减少对胃有损伤的药物的口服，如阿司匹林、安乃近、止痛片等药物的服用。第二、药物治疗：可以用抑酸药物ppI制剂，如奥美拉唑、雷贝拉唑片等口服，保护胃粘膜，如麦兹淋、硫糖铝等，还有康复新液口服，以促进胃粘膜修复的药物。第三、除此之外，要尽量的放松心态，减少长期的紧张、焦虑或者压抑导致的胃黏膜损伤。第四、清除幽门螺杆菌：因为幽门螺杆菌感染跟肠上皮化生有关系，通过积极治疗以防肠化生进一步发展，从而达到防止胃癌的目的。