男人小腹痛、腰痛，可能是以下原因引起；1，可能是泌尿系的疾病引起，比如说像肾炎、肾结石等疾病，会导致小腹部疼痛，向腰后侧放射引起疼痛的现象；2，可能是一些肠道的疾病，肠道的感染，像结肠炎，或者肠道的肿瘤、结核等疾病会刺激到腰部神经出现腰部疼痛，小腹疼痛的现象。3，小腹疼痛、腰痛，还可能是两种疾病引起，比如说腰肌劳损、腰椎间盘突出等疾病引起腰痛，而小腹、腹腔的一些疾病，感染性疾病、肿瘤、结核等引起的腹痛。