肠功能紊乱是临床常见的功能性疾病，表现多种多样，较为常见的表现为功能性消化不良、肠易激综合征、功能性便秘等。本病治疗应该以缓解症状、防止复发、改善生活质量为主。总体来说需要根据病因、疾病类型采用综合的对症治疗。情绪上需要调节情绪，避免焦虑、抑郁，进餐速度要慢，需要心平气和、细嚼慢咽，避免辛辣、刺激性食物，避免难以消化的食物，避免油炸食品以及垃圾食品，戒烟、戒酒。此外针对不同的症候群，还需要使用不同的药物，如功能性消化不良，应当根治幽门螺杆菌使用抑酸药，以及促进胃肠动力。而肠易激综合征的治疗包括调节饮食，对药物的选择因而对症处理，根据其为便秘、腹泻，还是腹痛选择对症药物治疗。功能性便秘的患者主要是用一些泻药、促胃动力药，来进行治疗。