刚刚怀孕40天，做B超检查如果确定是宫内妊娠的，可以口服药物流产也可以直接做人工流产来终止妊娠。怀孕40天，也就是停经六周左右，这个时候首先要做B超检查如果孕囊大于一厘米，就可以流产，药物流产是口服米非司酮和米索前列醇通过子宫收缩的力量，把孕囊和蜕膜组织挤压排出体外。相对来说损伤较小，但是有少数人蜕膜组织排出不全，有宫腔残留组织需要再做清宫手术的。人工流产是直接使用负压吸引装置进入到宫腔里面，把孕囊和蜕膜组织清理出来，相对来说，手术损伤较大，但是能够流产的更为干净彻底。