清浊祛毒丸的副作用根据说明书显示，目前尚不明确，但是可以依据其药物的功效来进行初步推断，因这种药物本身是治疗湿热下注的药物，药物的组成中含有一定的寒凉性质的药材，所以本身有胃肠道虚寒的患者服用之后有可能会对消化系统造成刺激，引发局部出现轻度的疼痛或者反酸等现象。同时需要注意，这种药物有可能会影响中枢系统的反应，导致头晕或暂时性的耳鸣，所以如果副作用出现时症状较为明显，要及时停止服用。