肛瘘的治疗分为内科保守治疗和外科手术治疗。内科保守治疗包括避免饮酒，避免辛辣饮食，避免久坐、久蹲，温热水坐浴，保持大便软化，抗生素抗感染治疗。内科保守治疗可以减轻肛瘘发作时的症状，也可以减少肛瘘发作的频次，但是无法彻底治愈肛瘘，而且会反复发作。外科手术治疗方式有很多，比如肛瘘切除术，肛瘘切开术，还有肛瘘挂线术。现在对于肛瘘而言，其实外科手术治疗效果比较好，有彻底治愈的可能，虽然也有一定的复发率。对于低位单纯性肛瘘，几乎很少复发，但是对于高位复杂性肛瘘，它的复发率还是不低。