肛瘘病变的发生，是以下原因引起的：一、肛周脓肿病变。这是肛瘘的常见原因之一，主要见于位置较深、范围较广的脓肿病变。由于脓肿向内破溃，与肛管、肠管相通，形成肛瘘内口。而脓肿在肛旁组织部位破溃，就会形成肛瘘外口，从而导致肛瘘病变发生。二、肛肠部位外伤。主要以穿刺伤为主，肛管、肠管与肛旁组织之间由于外伤原因形成异常通道，从而导致肛瘘病变发生。三、溃疡性结肠炎、肿瘤病变，也可能导致肛瘘病变出现。四、医源性损伤或操作，也会导致肛瘘。