肾结石手术做多久取决于手术的方式，而手术的方式选择主要和结石的具体位置以及大小相关。临床上肾结石手术最常见的方式有体外碎石术，输尿管镜碎石术，以及经皮肾镜碎石术。其中体外碎石术，由于手术在体外进行，所以手术时间相对较快，一般半小时到一小时左右，而输尿管镜碎石术由于手术需要打麻药，所以手术时间相对较长，一般需要1~2个小时，经皮肾镜碎石术手术时间相对较长，这个手术需要在腰部打一个造瘘口，将镜子深入到肾脏里面，然后将结石取出。