不同类型的结膜炎，需要使用的最适合的眼药水是不一样的。例如由于细菌感染引起的结膜炎，需要使用抗生素滴眼液治疗，目前常用的有盐酸左氧氟沙星滴眼液、莫西沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等。而对于病毒感染造成的结膜炎，则需要点抗病毒的滴眼液治疗，常用的有更昔洛韦滴眼液、干扰素滴眼液、阿昔洛韦滴眼液等。由于过敏因素所引起的结膜炎，则需要点抗过敏的滴眼液治疗，例如盐酸奥洛他定滴眼液，盐酸氮卓斯汀滴眼液等。如果常规的抗过敏药物控制过敏症状效果不好，也可以短期使用激素滴眼液治疗，例如氟米龙滴眼液等。