肠结核的治疗分为药物治疗、手术治疗以及一般治疗。药物治疗主要是联合使用抗结核的药物缓解症状，这是该疾病治疗的关键。在使用抗结核药物时，也需要遵循该类药物的使用原则，可以给患者服用异烟肼、利福平、链霉素、吡嗪酰胺等药物。手术治疗主要是针对有严重并发症的患者，比如有急性胃穿孔、肠穿孔、有小肠瘢痕性狭窄。一般治疗主要是针对患者的疾病临床表现，合理应用对症处理的药物。腹痛时可以使用解痉止痛药物进行治疗。