肠道功能紊乱的治疗方法主要是对症治疗，根据紊乱产生的症状是什么，如果是以腹胀为主，跟肠道运动和感觉功能相关，可以用些调节胃肠运动、感觉功能的药物。如果是和肠道营养吸收不好有一定关系，可以用助消化的药物，如果肠道是气体比较多可以用减轻肠道气体的药物。如果表现为便秘可以针对便秘给予治疗，如果表现是腹泻可以用治疗腹泻的药物，如果是腹痛、便秘、腹泻交替，主要是调节功能的药物。很多的胃肠肠道功能紊乱的病人，精神心理因素很重要，进行心理的干预也很重要，有些严重的精神心理障碍，有抑郁和焦虑倾向的建议应该看心理医生，给予干预，必要的话用抗精神心理的药物去治疗。